本作是为了纪念在1996年起开始的游戏王系列漫画连载二十周年所推出的动画电影 在跨越无数的试练后武藤游戏与身体内的另一人格暗游戏进行最终决战并获胜在作出正式诀别后踏上各自的旅途 在经历一段时间后游戏等人重新回归平凡的生活然而一名自称蓝神的神秘少年却出现在他们的眼前另一方面将暗游戏视为劲敌的海马濑人在暗游戏消失的地方发掘千年积木并打算将其重新完成试图再度复活暗游戏
